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基因表达芯片生存分析平台 | 微信: icecoler

1. 数据来源

2. 数据预处理

3. 生存分析

4. 功能富集

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1. 数据预处理
支持 Demo 数据、CSV/TSV/XLSX 表达矩阵上传、CEL 文件 (Affymetrix) 和 GEO 数据库。 归一化方法:Log2 转换、分位数归一化、RMA。
生存数据: 元数据需包含时间列 (Time) 和事件列 (Event, 0=删失, 1=事件)。
CEL 文件处理: 需要安装 Bioconductor 的 affy 或 oligo 包。CEL 数据不含生存信息,需额外上传。 GEO 数据: 需要安装 GEOquery 包。GEO pData 中自动提取生存列,若无则需手动上传。
2. 生存分析
Cox 模型: h(t|X) = h₀(t) × exp(β₁X₁ + β₂X₂ + ... + βₚXₚ)
Cox 比例风险回归 (Proportional Hazards Model):对每个基因独立拟合单变量 Cox 模型, 以基因表达量为协变量,评估其对生存结局的影响。
HR > 1: 风险基因(高表达→预后差)。 HR < 1: 保护基因(高表达→预后好)。
输出: 火山图、Kaplan-Meier 生存曲线、森林图、热图、结果表格。
依赖包: survival (核心), ggsurvfit (可选, KM曲线增强)。
3. 功能富集分析
ORA (过表达分析):对显著生存相关基因进行 GO/KEGG/Reactome 富集。 GSEA (基因集富集分析):基于 log(HR) 排序列进行富集,无需预设阈值。
依赖包: clusterProfiler, org.Hs.eg.db / org.Mm.eg.db, enrichplot。
4. 探索分析
PCA 主成分分析、t-SNE / UMAP 降维可视化、层次聚类热图、样本相关性矩阵。
依赖包: Rtsne, umap, plotly。
5. 数据格式说明
表达矩阵: 行=基因,列=样本,第一列为行名。支持 CSV/TSV/XLSX。
生存信息: 至少含 Sample, Time, Event 三列。Event 为 0/1 (0=删失, 1=事件)。 也可包含 Group 列用于可视化分组。
基因注释 (可选): 至少含 GeneSymbol 列,用于富集分析。
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